Планомірне вивчення флори і рослинності заповідної території, збір гербарію починається з 1913 р., коли на Нікітській та Бабуган яйлах почала свою роботу Партія Кримських водних розвідок, керівником відділу луківництва якої був О. Яната. Крім цього в 1911 – 1913 рр. з території заповідника була зібрана значна кількість гербарного матеріалу Є. Вульфом та С. Станковим, які в цей час працювали над «Флорой Крыма».

З організацією Біологічної станції Кримського державного заповідника, зоологічної і ботанічної лабораторій та музею природи в 1923 р. збір гербарного матеріалу значно зріс. У 1931 р. гербарій заповідника нараховував 2 500 г.з. завдяки зборам Л. Морозової (1923 – 1924), Г. Поплавської (1924 – 1930), В. Сукачова (1924 – 1927), М. Троїцького (1925 –1930). В 1931 р. підсумком роботи з гербарієм стала публікація роботи Г. Поплавської «Список растений, собранных в Крымском государственном заповеднике»" (1931 р.), де наводиться 771 вид вищих рослин, публікується кількість екземплярів рослин з зазначенням їх місцезнаходження, колектора, дати збору. (За гербарними матеріалам Г. Поплавської свого часу були описані нові види Euphrasia taurica Ganesch., Scrophularia exilis Popl., Sorbus taurica Zinserl та ін.).

У 1930 – 1950 рр. ботанічні дослідження в заповіднику проводились видатними ботаніками М. Клоковим (1936 р.), Б. Шишкіним (1936 р.), С. Юзепчуком (1938 – 1955 рр.). Вони зібрали значну кількість гербарного матеріалу, але в роки Великої Вітчизняної війни (в 1941 р.) гербарій заповідника згорів разом із зруйнованими фашистами жилими будівлями співробітників, науковими лабораторіями та колекціями.

У 1946 році Є. Шаройко починає відновлювати гербарну колекцію. Він зібрав на північних схилах гір 540 г.з. 418 видів. Допомогу у визначенні зібраного матеріалу йому надавали Б. Зефіров, Є. Лукіна, Л. Привалова, Н. Чернова. У 1946 р. Н. Чернова поповнила гербарій заповідника власними зборами. У 1946 – 1947 рр. основним колектором гербарію була В. Пожидаєва. В ці роки біля 80 г.з. були передані в заповідник Ю. Прокудіним.

У 1949 – 1952 рр. Л. Самсонова збільшила об'єм колекції флори заповідника до 2 000 г.з. Вона склала список-доповнення (310 видів) рослин, зібраних в Кримському заповіднику. Допомогу у визначенні деяких видів родин Cupressacaea, Cyperaceae, Rosaceae, Scrophulariaceae та ін. у 1949 – 1952 р. надавав С. Юзепчук та А. Пояркова. Цікавий ліхенологічний гербарій, який нараховував більш як 100 гербарних пакетів, у 1955 – 1957 р. зібрала Е. Копачевська.

У 1961 р. З. Акімова зібрала колекцію гербарію з Лебединих островів, яку в 1972 – 1982 рр. доповнила Н. Таріна.

У 1974 р. колектором була О. Овдієнко, а в 1975 – 2002 рр. роботи з вивчення флористичного складу заповідника проводилися В. Костіною, якою був складений список вищих рослин заповідника та доповнено гербарій до 6 000 г.з. У 1978 р. гербарій поповнився зборами О. Дубовик, яка також допомагала іншим колекторам в визначенні зібраних рослин. Багато гербарного матеріалу з території заповідника визначено В. Корженевським, В. Голубєвим, В. Косих. В 1982 р. С. Джей зібрав колекцію рослин дендропарку Кримського заповідника. З 2001 р. гербарну колекцію поповнює М. Руденко. На даний момент проводиться інвентаризація фондів гербарію, створюється інформаційна комп'ютерна база даних.

На сьогодні загальна кількість одиниць зберігання в гербарії складає 6 500 аркушів. Найстаріші екземпляри датовані 1946 р. (збіри Є. Шаройко). Гербарій CNR має такі пiдроздiли: колекція вищих рослин (загальна, понад 6 000 зразків), обмінний фонд (біля 300), ліхенологічна колекція (понад 100), бріологічна колекція (понад 100), архів. Формат зберігання вищих рослин – паперовий аркуш розміром 42 х 28 см, у картонній сорочці. Ліхенологічний та бріологічний матеріал зберігається в паперових пакетах розміром 25х 28 см. Зразки зберігаються у двоярусних дерев’яних шафах. Родини вищих рослин розміщені за системою А. Енглера, роди та види в середині них – за алфавітом. Є повидова картотека, де вказані кількість зразків кожного виду, час та місце збору зразка, прізвище колектора.

Матеріали гербарію використовуються в роботі науковцями заповідників, Таврійського національного університету, Нікітського ботанічного саду, а також співробітниками інших вітчизняних та зарубіжних установ. Колекціями користуються студенти під час виконання курсових та дипломних робіт. Поповнення фондів гербарію йде завдяки польовим зборам наукових співробітників заповідника.

За роки існування гербарію зібрано 1049 видів вищих рослин із 100 родин, 99 видів лішайників, 30 видів мохів, 25 видів водоростей. Нижче наводимо список кількості видів вищих рослин за родинами, які зберігаються в гербарії: Aceraceae (2), Alismataceae (1), Alliaceae (8), Amaryllidaceae (2), Anacardiaceae (3), Apiaceae (56), Apocynaceae (1), Araceae (2), Aristolochiaceae (1), Asclepiadaceae (5), Asparagaceae (7), Aspidiaceae (5), Aspleniaceae (4), Asteraceae (116), Athyriaceae (2), Berberidaceae (2), Betulaceae (2), Boraginaceae (28), Brassicaceae (65), Callitrichaceae (1), Campanulaceae (5), Cannabaceae (1), Caprifoliaceae (2), Caryophyllaceae (2), Celastraceae (4), Ceratophyllaceae (1), Cistaceae (7), Convolvulaceae (4), Cornaceae (2), Corylaceae (3), Crassulaceae (5), Cucurbitaceae (1), Cupressacaea (5), Cuscutaceae (3), Cyperaceae (23), Dioscoreaceae (1), Dipsacaceae (6), Ephedraceae (1), Ericaceae (1), Equisetaceae (3), Euphorbiaceae (12), Fabaceae (73), Fagaceae (6), Frankeniaceae (1), Fumariaceae (6), Gentianaceae (3), Geraniaceae (11), Hypericaceae (3), Hypolepidaceae (1), Iridaceae (4), Juncaceae (8), Lamiaceae (59), Lemnaceae (2), Liliaceae (32), Limoniaceaе (4), Linaceae (8), Loranthaceae (2), Lythraceae (1), Malvaceae (8), Monotropaceae (1), Oleaceae (4), Onagraceae (7), Ophioglossaceae (2), Orchidaceae (29), Orobanchaceae (4), Paeoniaceae (2), Papaveraceae (7), Pinaceae (5), Plantaginaceae (4), Poaceae (111), Polygalaceae (2), Polygonaceae (15), Polypodiaceae (2), Primulaceae (11), Pyrolaceae (4), Ranunculaceae (33), Resedaceae (1), Rhamnaceae Juss. (1), Rosaceae (43), Rubiaceae (21), Rutaceae Juss. (2), Salicaceae (5), Santalaceae (1), Saxifragaceae (2), Scrophulariaceae (43), Solanaceae (7), Sparganiaceae (2), Tamaricaceae (3), Taxaceae (1), Thelypteridaceae (1), Tiliaceae (3), Typhaceae (2), Ulmaceae (2), Urticaceae (3), Valerianaceae (7), Verbenaceae (1), Violaceae (12), Vitaceae (1), Zosteraceae (2), Zygophyllaceae (3).

Руденко М.И. Биоразнообразие флоры Крымского природного заповедника //В зб.: Збереження та відтворення біорізноманіття природно-заповідних територій. Матеріали міжнародної науково-практичної конференції, присвяченої 10-річчю Рівненського природного заповідника (м. Сарни, 11-13 червня 2009 року). – Рівне: ВАТ "Рівненська друкарня", 2009. – С. 281 – 287.

Привалова Л.А. Растительный покров нагорий Бабугана и Чатыр-Дага. // Труды ГНБС. – 1958. – т. 28. – С. 10 – 11.

Попов К.П. Краткие итоги изучения флоры и растительности Крымского заповедно-охотничьего хозяйства (1913-1963) // В кн.: Крымское государственное заповедно-охотничье хозяйство (50 лет). –

Симферополь: Крымиздат, 1963. – С. 53 – 73.