Серед фондових колекцій музею – біологічні об’єкти: незвичні музейні речі, джерела наукової інформації, носії біологічного знання. Володіючи насправді цінними збірками музейних природничих предметів, створюються умови зберігання, поповнення, наукового вивчення колекцій, що практикується з демонстраційною та просвітницькою діяльністю музею. Різноманітні пізнавальні експозиції розповідають відвідувачам музею про походження, умови життя, корисні копалини, поширення, взаємодію із зовнішнім середовищем, будову і багатство форм представників рослинного і тваринного світу, про закономірності та особливості проявів життєдіяльності на Землі.

Серед природничих колекцій музею значне місце займає гербарій (фондова група “Ботаніка”). Станом на 01 січня 2009 р. колекція судинних рослин нараховує близько 2 764 одиниці г.з.

Гербарний зразок, як музейний предмет, – унікальне і неповторне першоджерело в історичному, географічному і таксономічному розумінні, причому першоджерело, можливо, єдине в своєму роді, оскільки чимало видів або їх популяцій уже знищені в тих місцях, де були колись зібрані, і зберігаються лише у формі гербарію.

Заснувала гербарний фонд музею і склала основні його надходження Сидонія Зелінська – тодішня завідувачка відділу природи, справжній фахівець музейної справи. Перший запис в інвентарній книзі групи “Ботаніка” датується 02.06.1973 року. Облікова книга розпочалася колекцією гербарних зразків рідкісних рослин вчителя-ботаніка Григорія Івановича Костиника, жителя с. Добровляни Заліщицького району, що становить 10 гербарних листків.

Колекція гербарного матеріалу, опрацьованого Сидонією Зелінською становить приблизно 1 600 одиниць. У фондах представлені зразки старовинних гербарних колекцій початку ХХ століття. Найбільш ранні з них зібрані учнями польської жіночої гімназії у 1920-1930 роках (10 гербарних зразків: №№ 1583-1596 в інвентарній книзі “Ботаніка”), які були визначені та записані С. Зелінською. Студенти Тернопільського педагогічного інституту (тепер – Тернопільський національний педагогічний університет імені Володимира Гнатюка) поповнили фондову колекцію гербарію своїми надходженнями, зібраними впродовж 1968-1981 років. Частину матеріалу опрацювала С. Зелінська, решту – викладач природничого факультету тодішнього Тернопільського педагогічного інституту Степан Зелінка. Учений подарував музею частину приватної колекції гербарного матеріалу (переважно рідкісних рослин), що становить 274 одиниці.

Починаючи з 1988 року, гербарні фонди активно поповнювалися переважно науковцями музею, які в різні роки працювали у відділі природи.

Головним джерелом накопичення гербарного матеріалу стали дослідження флори і рослинності, що охопили всю територію Тернопільщини. Плануючи експедиції, наукові співробітники Тернопільського обласного краєзнавчого музею детально вивчали рослинність окремих районів. Було зібраний багатий гербарний матеріал, який після наукового опрацювання суттєво збагатив фонди музею. Список колекторів ботанічного музейного фонду можна поповнити прізвищами науковців: Г. Черник, І. Івшина, І. Маховець, М. Балій, О. Табака, Л. Мочалова, Н. Чеканова.

Усі колекції ботанічного фонду повністю інвентаризовано, упорядковано картотеку на паперових носіях. Гербарні зразки зберігаються в картонних ящичках в спеціальному приміщені на стелажах. Гербарні матеріали розміщені за родинами в абетковому порядку: Adoxaceae (1 г.з.), Amaryllidaceae (4 г.з.), Araliaceae (4 г.з.), Araceae (2 г.з.), Polypodiaceae (15 г.з.), Berberidaceae (5 г.з.), Apocynaceae (7 г.з.), Convolvulaceae (1 г.з.), Betulaceae (17 г.з.), Fabaceae (120 г.з.), Celastraceae (8 г.з.), Vacciniaceae (5 г.з.), Fagaceae (26 г.з.), Valerianaceae (4 г.з.), Salicaceae (3г.з.), Ericaceae (3 г.з.), Vitaceae (4 г.з.), Orobanchaceae (1 г.з.), Ulmaceae (1 г.з.), Cucurbitaceae (1 г.з.), Caryophyllaceae (38 г.з.), Geraniaceae (10 г.з.), Ginkgoaceae (1 г.з.), Hippocastanaceae (2 г.з.), Juglandaceae (2 г.з.), Polygonaceae (14 г.з.), Pyrolaceae (4 г.з.), Lamiaceae (58 г.з.), Cornaceae (10 г.з.), Campanulaceae (11 г.з.), Hydrocharitaceae (2 г.з.), Caprifoliaceae (17 г.з.), Ranunculaceae (61 г.з.), Rhamnaceae (5 г.з.), Guttiferae (6 г.з.), Poaceae (100 г.з.), Apiaceae (31 г.з.), Oxalidaceae (3 г.з.), Cupressaceae (22 г.з.), Polygalaceae (7 г.з.), Aceraceae (22 г.з.), Cannabinaceae (2 г.з.), Urticaceae (3 г.з.), Asclepiadaceae (6 г.з.), Nymphaeaceae (1 г.з.), Liliaceae (42 г.з.), Tiliaceae (11 г.з.), Chenopodiaceae (5 г.з.), Saxifragaceae (5 г.з.), Linaceae (2 г.з.), Magnoliaceae (1 г.з.), Papaveraceae (21 г.з.), Rubiaceae (19 г.з.), Elaeagnaceae (4 г.з.), Oleaceae (6 г.з.), Euphorbiaceae (13 г.з.), Loranthaceae (1 г.з.), Onagraceae (10 г.з.), Orchidaceae (2 г.з.), Cyperaceae (15 г.з.), Solanaceae (9 г.з.), Primulaceae (16 г.з.), Iridaceae (2 г.з.), Platanaceae (2 г.з.), Lycopodiaceae (3 г.з.), Cuscutaceae (1 г.з.), Plantaginaceae (7 г.з.), Scrophulariaceae (32 г.з.), Resedaceae (5 г.з.), Rosaceae (110 г.з.), Droseraceae (1 г.з.), Rutaceae (3 г.з.), Santalaceae (1г.з.), Asteraceae (96 г.з.), Pinaceae (17г.з.), Anacardiaceae (8 г.з.), Butomaceae ( 1г.з.), Tamaricaceae (1 г.з.), Taxaceae (4 г.з.), Gentianaceae (3 г.з.), Crassulaceae (6 г.з.), Violaceae (13 г.з.), Aristolochiaceae (4 г.з.), Equisetaceae (12 г.з.), Brassicaceae (37 г.з.), Alismataceae (6 г.з.), Dipsacaceae (11 г.з.), Cistaceae (6 г.з.), Moraceae (5 г.з.), Pulmonariaceae (33 г.з.), Amaranthaceae (1 г.з.).

Таким чином, у гербарних зразках, які зберігаються у фондах музею, зафіксовано майже все флористичне розмаїття Тернопільської області, що дає можливість простежити зміни у флористичному складі за певний період часу.

Деякі природно-заповідні території та об’єкти Тернопільської області представлені в гербарних зразках у ящиках окремо. Гербарна колекція із флори заповідника “Медобори” налічує 207 рослин. Природний заповідник “Медобори” розташований на теренах Товтр – однієї з найунікальніших пам’яток природи та геологічного минулого. В найбільш монолітній та залісненій частині кряжу, з метою збереження унікальних природних комплексів Подільських Товтр, генофонду рослинного і тваринного світу, 1990 року створено природний заповідник площею 10 521 га. Незначними за площею, але унікальними, є ділянки степової, наскельно-степової та лучно-степової рослинності. Серед гербарію трав’янистих рослин, що охороняються в заповіднику, багато рідкісних рослин, занесених до Червоної книги України: Cypripedium calceolus L.(ТКМБ 2636); Crocus heuffelianus Herb. (ТКМБ 2637), Aconitum besserianum Andrz. ex Trautv. (ТКМБ 2705), Chamaecytisus blockianus (Paw?.) Kl?skov? (ТКМБ 2090), Stipa pennata L. (ТКМБ 1907), Platanthera bifolia (L.) Rich. (ТКМБ 1908), Listera ovata (L.) R. Br.(ТКМБ 1909 ) та інші. Є зразки реліктових рослин: Pulsatilla grandis Wender. (ТКМБ 2702), Dictamnus albus L. (ТКМБ 2233), Galanthus nivalis L. (ТКМБ 2704), Dracocephalum austriacum L. (ТКМБ 2293), Lunaria rediviva L. (ТКМБ 2294), Allium ursinum L. (ТКМБ 2295), Scopolia carniolica Jacg. (ТКМБ 2296) та ін. Також ендемічних: Schivereckia podolica (Besser) Andrz. ex DC. (ТКМБ 1726), Carlina cirsioides Klokov (ТКМБ 2089), Euphorbia volhynica Bess. es Racib. (ТКМБ 2297) та інші.

Найкраще збережені ділянки Кременецьких гір на півночі області площею 1 000 га – філія заповідника “Медобори”. Флора Кременецьких гір представлена гербарієм рослин: Betula klokovii Zaverucha (ТКМБ 1767), Minuartia aucta Klokov (ТКМБ 1777), Geranium sanguineum L. (ТКМБ 1781), Geranium phaeum L. (ТКМБ 1782), Clematis recta L. (ТКМБ 1791), Euphorbia amygdaloides L. (ТКМБ 1814), Lycopodium сlavatum L. (ТКМБ 1819) та ін.

Гербарна колекція Голицького ботанічного заказника складає 129 одиниць. У заказнику охороняється степова ділянка на схилах гори Голиця, зокрема: Carlina onopordifolia Bess. Ex Szafer, Kulcz. et Paw?. (ТКМБ 1978), Iris hungarica Waldst. et Kit. (ТКМБ 1979), Thymus amictus Klokov (ТКМБ 1984), Cephalanthera grandiflora L. (ТКМБ 2002), Gymnadenia conopsea L. (ТКМБ 2003), Lilium martagon L. (ТКМБ 2018), Galium verum L. (ТКМБ 2049), Knautia arvensis L. (ТКМБ 2053) та ін.

У фондах музею зберігається велика колекція гербарних зразків з парків, де представлено велике різноманіття інтродукованих рослин. Один з наймолодших центрів інтродукції рослин у районі Західного Поділля – Хоростківський дендрологічний парк, закладений у 1972 році на площі 18 га. Тут зібрана колекція півтори тисячі різних видів, різновидностей і форм деревно-чагарникових порід та багато видів трав'янистої флори з усіх країн і континентів. Декілька гербарних зразків рослин-екзотів із Хоростківського дендрологічного парку: Weigela florida A. DC. (ТКМБ 1967), Lonicera brownii Hort. (ТКМБ 1968), Paeonia suffruticosa Andrews. (ТКМБ 1970), Laburnum anagyroides Medic. (ТКМБ 1971), Berberis vulgaris L. (ТКМБ 1972), Thelycrania australis ( C.A. Mey.) Sanadze (ТКМБ 1975), Pinus sibirica Du Tour (ТКМБ 1958), Tamarix tetrandra Pall. (ТКМБ 1959) та ін.

Свого часу користувався популярністю колекторів Гермаківський дендрологічний парк, закладений на околиці села Гермаківки Борщівського району (1956 рік, 25 гектарів). У фондах музею зберігається велика колекція екзотичної технічно-цінної і лісової деревно-чагарникової рослинності, серед них: Chamaecyparis lawsoniana Paw?. (ТКМБ 1410, 1411), Thujopsis dolabrata Sieb. (ТКМБ 1412), Thuja occidentalis L. (ТКМБ 1413 - 1419), Juniperus virginiana L. (ТКМБ 1419), J. sabina L. (ТКМБ 1420), J. pseudosabina F. Et. M. (ТКМБ 1421), Ginkgo biloba L.(ТКМБ 1084).

Всі гербарні зібрання, оформлені відповідно до існуючих стандартів, для довгострокового зберігання та використання. Гербарні колекції музею використовуються для створення експозиції, тематичних виставок: з метою поширення знань про рослинне багатство краю, охорону рідкісних та зникаючих рослин тощо.

Тернопільський обласний краєзнавчий музей: історія, фонди. – Тернопіль: Меркьюрі – Тернопіль, 2008. – 20 c.

Черник Г.В. Гербарій Тернопільського краєзнавчого музею / Гербарії України. - Київ, 1995.- С. 92.